El acervo documental de la Biblioteca comprende aproximadamente 100 000 títulos integrado por libros, folletos, obras de consulta, enciclopedias, censos, directorios, revistas, atlas, mapas, tesis, facsímilares y colecciones especiales en comodato o en fondo reservado sobre temáticas antropológicas e históricas. Este acervo por lo tanto se divide en las siguientes colecciones:

Acervo General (A). Esta colección está integrada por más de 40,000 títulos que apoyan directamente los planes y programas de estudio de las licenciaturas y posgrados que se imparten en la Escuela.

Colección de Consulta (C). Formada con obras que proporcionan información breve y específica, como son diccionarios, enciclopedias, directorios, índices, etc. Esta colección también se encuentra en estantería abierta y su utilización es únicamente dentro de la sala de lectura.

Tesis (X). Está integrada por los trabajos de tesis de licenciatura, maestría y doctorado de las diferentes especialidades de la ENAH, además de tesis de otras instituciones educativas con temas afines o similares. Para fotocopiar el material el usuario tendrá que firmar una forma donde se compromete al buen uso del material fotocopiado. Sólo pueden fotocopiarse los ejemplares correspondientes al año de 1980 en adelante.

Hemeroteca (PP). Integrada por publicaciones periódicas (revistas) sobre los diferentes tópicos de especialización de la Escuela.

Mapoteca (M). Se encuentra conformada por más de 10,600 cartas topográficas y temáticas de toda la República Mexicana, planos, fotografías aéreas de algunas partes de la República, mapas de todo el mundo para dar clase, de distribución de lenguas indígenas y en relieve. Este material lo proporciona INEGI, UNAM y el Gobierno del D. F. Este material no se presta a domicilio y se encuentra en modalidad de estantería cerrada.

Folletos (F). Son materiales de menos de 50 páginas, generalmente engrapados; la temática que presentan es diversa. Monografías, artículos de revistas o documentos diversos.

Discos compactos (CD). Esta colección se conforma por aproximadamente 500 títulos de obras monográficas y de consulta en CD-ROM.

Fondo Reservado (FR). Son materiales documentales que por su naturaleza o procedencia requieren de atención y cuidados especiales, y que no salgan a domicilio, tal como son libros anteriores a 1950, códices y facsímiles de códices. Las obras del Fondo Reservado se consultan en un área cerrada de la biblioteca.

Archivo Histórico. Esta colección se forma con la finalidad de compilar, organizar y preservar la memoria documental del ejercicio de la antropología en México, particularmente en la ENAH, para conservar el devenir histórico de la Escuela, y favorecer el desarrollo de líneas de investigación histórica.

Fondo José Toribio Medina. Este fondo, perteneciente al Instituto Panamericano de Geografía e Historia (IPGH) de la OEA, se encuentra en la Biblioteca en calidad de comodato, debido a su gran importancia cultural y trascendencia para la docencia e investigación de la ENAH. Está conformado por más de 30,000 títulos de libros y 12 000 títulos de revistas.

Archivo Historia de las Religiones y los Movimientos Sociales en México. La Biblioteca Guillermo Bonfil Batalla realiza diversos esfuerzos orientados a convertirse en un apoyo especializado para la investigación antropológica e histórica que se lleva a cabo en nuestro país. Para ello ha enriquecido su acervo a través de convenios con cuatro organizaciones no gubernamentales que han ofrecido en comodato sus acervos:

Fondo Centro Nacional de la Comunicación Social (CENCOS), conformado por 10,000 libros y revistas, además de documentación original.

Fondo Centro de Estudios Ecuménicos (CEE) conformado por 3,000 libros y revistas, además de documentación original.

Colección de Consulta (C). Fondo Secretariado Social Mexicano (SSM) Conformado por 10,000 títulos de libros y 3,00 títulos de revistas.

Fondo Secretariado Interamericano de Solidaridad con los Pueblos de América Latina (SICSAL) Integrado por documentación original del Secretariado.